Hiện nay, Đảng bộ huyện Hàm Yên có 40 chi, đảng bộ cơ sở, trong đó: 17 đảng bộ xã; 1 đảng bộ thị trấn; 5 chi, đảng bộ sự nghiệp; 10 chi, đảng bộ cơ quan khối đảng, đoàn thể, nhà nước; 1 đảng bộ doanh nghiệp; 4 chi bộ doanh nghiệp và 2 đảng bộ lực lượng vũ trang, với tổng số 419 chi bộ trực thuộc Đảng ủy cơ sở và 6.617 đảng viên.

Để thực hiện tốt việc tổ chức Đại hội chi bộ trực thuộc, Huyện ủy Hàm Yên đã tổ chức Hội nghị quán triệt Chỉ thị số 35 của Bộ Chính trị và các văn bản hướng dẫn Đại hội Đảng bộ các cấp. Tại cấp huyện, Ban Thường vụ Huyện ủy đã tổ chức hội nghị Ban Chấp hành Đảng bộ huyện lần thứ 17 mở rộng với nội dung: quán triệt Chỉ thị số 35 của Bộ Chính trị về Đại hội Đảng các cấp tiến tới Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng, tổ chức Hội nghị cán bộ chủ chốt toàn huyện quán triệt Chỉ thị số 35, Nghị quyết số 96 của Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh, Kế hoạch số 306 của Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Kế hoạch số 134, Nghị quyết số 14 của BCH Đảng bộ huyện về thực hiện Chỉ thị số 35 của Bộ Chính trị.

Cùng với đó, Văn phòng Huyện ủy đã thực hiện sao lục Chỉ thị số 35 và các Văn bản chỉ đạo, Hướng dẫn của Trung ương, của Tỉnh ủy, Ban Thường vụ Tỉnh ủy về tổ chức Đại hội Đảng các cấp gửi đến các cơ quan, đơn vị có liên quan, các chi, đảng bộ cơ sở để thực hiện…

Tại cấp cơ sở đến hết tháng 8/2019, các chi, đảng bộ trực thuộc Huyện ủy đã tổ chức Hội nghị quán triệt nội dung Chỉ thị số 35 và  các văn bản của Trung ương, của tỉnh, của huyện và Bài viết của đồng chí Tổng Bí thư, Chủ tịch nước "Chuẩn bị và tổ chức thật tốt đại hội đảng bộ các cấp tiến tới Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng"; Kế hoạch của Ban Thường vụ Huyện ủy, Nghị quyết của Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh, huyện và kế hoạch thực hiện của chi bộ, đảng bộ cơ sở.

Đến ngày 31/3/2020, có 413/419 chi bộ Đảng bộ cơ sở đã tổ chức xong đại hội nhiệm kỳ 2020-2022, hiện tại còn 4 chi bộ thuộc Đảng bộ HĐND&UBND huyện và 2 chi bộ trực thuộc Đảng bộ thị trấn Tân Yên chưa tổ chức Đại hội chi bộ do ảnh hưởng của dịch bệnh covid 19./.